十一年，王丰肃起航东渡，万历三十三年，王丰肃初至南京
到南京后，王丰肃专心学习中国的语言文字，研究古籍经典文献，著述立说，颇受追捧后因传教有方，被利玛窦任命为耶稣会中国教区南京分会的负责人任内，王丰肃神甫积极贯彻利玛窦，以学术为先导，与儒家士大夫相交，不与中华传统相悖的传教原则，在南京广泛交友，发展教众，获得了很大的成功，甚至在南京立起了一座教堂
但好景不长，万历三十八年，利玛窦病逝于北京，逝世前指定龙华民接任教会中职务龙华民上任之后，立刻改弦更张，主张耶儒分离，反对引进儒家经典注解教义，更是坚决反对用“天”和“上帝”这样，早有特定意义的“古词”来指称“Deus”，要求在华教众只许用音译的“陡斯”来指称这一神圣的存在这就引起了南京当局，尤其是时任南京礼部右侍郎沈的高度警惕
万历四十四年五月，沈上《参远夷狄疏》，掀起南京教案七月，巡城御史孙光裕带兵抓人，王丰肃就是第一个被抓的八月，南京礼部颁布《拿获邪党后告示》，告示中称：“狡夷王丰肃等，潜住都门，妄称天主教，煽惑人民”
万历四十五年，南京教案落下帷幕，王丰肃被广东当局囚送澳门
万历四十八年，天地更易，新任礼部尚书徐光启发函邀请耶稣会进京得到通知后，龙华民兴奋异常，立刻组织使团北上，但同在澳门的王丰肃却以主持澳门事务为由，婉拒了龙华民的邀请，没有与使团一道北上直到雇佣兵北上援辽，他才应郭居静的邀请，星夜进京可怪的是，他进京没多久，就又遇上了教案
“有意义吗？”郭居静抬头仰视十字架，在他身后分坐左右的金尼阁和王丰肃只能看见他的后脑唯有受难垂头的耶稣能看清郭居静眼里的神色
“不管有没有意义，我们都应该做一做”王丰肃也将自己的视线转移到了受难十字架上
“要怎么申救？”郭居静的声音也是不喜、不怒、不哀，听不出什么情绪“上谕给门多萨的定性可是‘耶教左道’，要是把握不好申救的度，我们这些‘耶教正道’说不定也就‘左’了”
“郭仰凤，你怕了？”金尼阁的眉头皱得更紧了
“我是怕了，但我不是怕死，而是怕断送了这几十年数代人的事业”郭居静说道：“金四表，来天朝这么久，你应该也知道大明天子的权威是无可置疑的若是触怒了皇帝陛下，让判词从‘耶教左道’变成‘左道耶教’，这几十年的传教事业也就彻底完了”
“但我们总不能就这么眼睁睁地看着吧”金尼阁说道
“不能就这么干看着！”王丰肃接茬说道：“那么多双眼睛还盯着我们呢”
“是啊，我们这些元老应该给小辈做