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由于东林党势大，朱常洛在同时敲打方从哲和刘一燝这两位头面人物时，还专门给刘一燝上了额外的脸色可最后，没被上脸色的方从哲压住了以浙党为首的势力，而刘一燝却完全管不住东林党
冬月十一，矛盾集中爆发东林党竟然趁着皇帝临朝，直接对皇帝本人发起进攻此时，朱常洛终于意识到，这群人并不单是要搞党派斗争，更是要借朝会改制掀起泰昌朝的“大礼议”，逼朝廷乃至皇帝让步
但相比如浮水之萍的进京藩王朱厚熜，朱常洛的境况要好得多因为宫里没有昭圣慈寿皇太后这样的人物，所以在太子即皇帝位之初，以王安为首的东宫宦官就基本完成了对内廷权力的接收，内阁也不是杨廷和这样的权相的一言堂
朱常洛本来是想在万历四十八年最后的几个月里完成对内廷的整肃再在改元的恩科结束及天津开埠之后，从孙如游这样腐儒卫道士入手，逐步裁汰脑子里只搭了一根弦的文官，只保留最忠于君主的腐儒去看着所谓的“洋儒”，以防止新势力无人制衡尾大不掉可朝会改制变成了“大礼议”，那就只能调整计划，提前动手了
尽管做了打击东林党的决定，但朱常洛依旧保持着应有的克制，只搞了适度的扩大化，而没有搞无限制扩大化他甚至亲自调整并缩小了锦衣卫的打击面，以保证在历史上有正面评价的官员，以及微涉或无涉此事的官员能免受影响
他拟好了新的剧本和结局，可蝴蝶扇动翅膀从来不会只让自己高飞
锦衣卫动了，所有人就动了
首当其冲的礼部尚书徐光启最先做出反应，跑到内阁请求身为浙党领袖的首辅方从哲保持克制方从哲表面上不动声色，甚至支持沈扩大党争，但私底下却冒险与锦衣卫掌卫事骆思恭勾兑，以东厂的例子劝锦衣卫收敛
而徐光启也被刘一燝说服，决定成为东林党的领袖
“臣以为，剪除东林只能治标而不能治本”徐光启早就将用于说服皇上的理由准备好了“当年张居正以‘反对士子不务实学之陋习’为由禁止讲学，以圣旨关闭全国书院，甚至没收、拆毁各书院的土地房屋以为除恶既尽，书院之风即可永绝但张居正死败之后，各地书院即死灰复燃”
“绝大多数东林成员或者东林的同情者，只是不满于朝局之腐败与党争之激烈此乱源不治，即便没了东林，也会有西林或南林东林只是长歪了，不是烂根了与其消灭东林，不如容留并控制东林东林有匡正时弊之心，却被所谓的意见领袖利用只要替换掉胡乱引导舆论的领袖，换上由圣上恩准的领袖，东林就能为圣上所用，成为改制易纲，中兴大明的利器！”