摄取体内亿兆细胞的身体能量，跟运用特殊法门凝聚的精神能量，两者结合的产物，当然还有掺杂了自然能量的仙术查克拉，妙土山、湿滑林、龙地洞忍界三圣地都有相应的传承，初代火影千手柱间就是在湿滑林学成了仙术，自来也前辈不知道此时是否已经在妙木山接受了仙术传承……
而小宇宙则是通过引导体内原子击撞，模拟宇宙万物轮回破灭，所产生的一种类似核聚变的能量。所以从本质上讲，小宇宙要比查克拉的层级高。
其次，是由二者演化的各种能力、性质变化。
查克拉共有火、水、风、雷、土、阴、阳七种性质变化，每种变化互相结合，能施展各种令人眼花缭乱的忍法。可飞檐走壁、虚空御行，延伸出来的能力体系繁多。
小宇宙也有类似查克拉的属性变化，空间系、温度系、精神系、时间系、灵魂系、光系等等。除此之外，小宇宙还有第五感、第六感、第七感、第八感四个力量等级。不同等级对应不同的能力高低。从这里比较，小宇宙的能力拓展几乎涵盖了所有的查克拉所能表现的性质变化。
最后，是二者所能造成的伤害。
圣斗士所处的次元明显属于高能宇宙位面，从破坏力来讲，圣斗士已经精确的原子级别了。
先从最低级战力来比较看。最普通的青铜圣斗士，也可以实现拳破天空，脚裂大地，拳速可突破音速。而忍者，下忍扔个苦无连粗一点的树都打不倒，虽然土遁啥的可以改变大地，但是和青铜圣斗士的水平还是差距太远。
然后，从高级的战力来比较看。拥有第七感的黄金圣斗士都是可以达到光速水平的，而忍者中能够达到这一点的寥寥无几。
波风水门虽然号称金色闪光，但他是通过空间忍术飞雷神实行空间迁，根本就不是光速。远距离传送或许他快，但面对面对攻，飞雷神的速度根本不够看。而且就算他能达到光速，纵观忍界，在速度方面能有几个赶得上波风水门的，恐怕不足一只手之数。
至于五行遁术等各种花哨的忍术，其实在黄金圣斗士的光速拳面前都没啥用。结印再快，能有光速快？
再说迈特戴的八门遁甲，迈特戴开八门状态下，速度快得可以扭曲空间。硬生生地将忍刀七人众打得四死三逃，活生生将忍刀七人众打残。
再说拥有六道之力的宇智波斑和开八门的迈特凯一战就能说明问题。恩，这个你就听听就行，当神话听听就行了……
迈特凯开八门状态下，速度快得可以扭曲空间。拥有六道之力的宇智波斑就被八门迈特凯打得半死。迈特凯不愧是差点一脚踢出了大结局的男人。
然而，全开八门后的招式夜凯，这个必死的绝招打出的扭曲空间的状态，在黄金圣斗士的眼里实在是