后三次到日本留学考察军事教育和观摩仙台大操内容涉及各个方面，黎元洪逐步充当了清末军事现代化风潮的地方军制改革的先锋
黎元洪每次考察回国后都写下日本军事考察报告送呈张之洞检阅，引起了张之洞的极大兴趣学习考察后归来的黎元洪颇得张之洞赏识和倚重，被提拔为各营教练官，又兼训新兵，成为编练湖北新军的高级将官
二十世纪初，清政.府又开始推行清末新政，湖北开各省风气之先，加紧施行黎元洪奉命协助办理将绿营、防营结束后，又增招新兵，扩充武备学堂设备在日本所学的西式教育的洗礼下，黎元洪的军事思想开始进入了湖北最高军事决策层的视野，并付诸实践
张之洞先后多次采纳黎元洪的军事改革建议：一是规定水陆各营所辖兵勇凡遇有重大过犯者，均交执法官审讯，不得擅杀；
二是将武备学堂及防营将弃学堂合并改为武高等学堂，另设武普通中学堂前者为张之洞军事学堂体系中的高等军事教育机构，后者为中等军事教育机构武高等学堂程度与日本陆军士官学校相等，为武普通中学堂毕业学生升学之地，为湖北乃至全国培养了大量军事近代化所需的人才
三是湖北省会开办警察，从各营选拔优秀士兵进行训练后充任因在军事实践中表现突出，黎元洪的仕途平步青云
从光绪二十二年（一八九六年）到宣统三年（一九一一年）的十五年间，黎元洪一直在湖北担任重要职务训练新军，他知兵爱兵，和新军战士结下了深厚的感情与此同时，随着湖北革命力量的渗入，他所带领的陆军第二十一混成协集结了大量共进会、文学社等革命团体的力量
他不是革命党，也不赞成革命有说在武昌起义后，他为了自保还亲手杀过起义的士兵
当瑞澂逃走，督署被占，革命军炮轰其司令部时，他吓得跑到黄土坡换上便衣，躲在参谋刘文吉家中
起义人员把他搜出，请他担任都督，他坚决不干他虽然对清廷的腐朽统治不满，但还不想背叛朝廷
起义人员用枪指着他的脑袋，逼他就范（这名起义人员，就是后来，赫赫有名的武昌首义元勋三武中的张振武），咨议局议长汤化龙等人又再三劝说看到起义人员态度强硬，觉得僵持下去对自己不利，被逼无奈才勉强应承下来；其实是逼上梁山
为了给自己留后路，他开始出工不出力，有什么事请示他，也总是好好好，是是是，从不拿主意，大家背后都叫他“泥菩萨”
直到武昌、汉口、汉阳都落人革命党人之手，看到士兵浴血奋战，广大民众积极支持革命，他才真正站到了人民的一边
通过起义的士兵英勇奋战，和立宪派人士和广大民众的共同努力，湖北的形势正朝着有利于革