因其言词诡妄，时称妖书朱赓得此书，立即进宫面奏皇帝万历看后大怒，即命东厂“大索奸人”（这也就是第二次妖书案）
而在查案的过程中，皇帝竟然明发上谕提醒锦衣卫不妨大刑伺候，不要推避
【（前面是骂办案官员拿出的证词前后不一）.朕览狱词，特切痛恨，刑狱加于小人，岂有不打肯招之理？（中间是骂官员们办案不力的）朕自心急，莫为朕急，公然付之不理，君父之仇不共戴天，于心何忍？国家亦安永此食禄忘君、不忠不义之臣？好生可恶，姑且都饶这遭先后捕获各犯，着锦衣卫设法严刑拷究，拱出奸党】这个时候，嫌犯皦生光一家早在诏狱里被锦衣卫打烂了
第二次妖书案发的时候，皇帝已经四十岁了，尚且对外界知之甚少，更遑论十九岁的时候
皇帝可能根本没有意识到外界（尤其是那些言官小臣）对张居正的弹劾，是带着强烈的主观意愿和党同伐异思想的
换言之，皇帝本就对张居正有不满外面这么一闹，皇帝就认为张先生是个道貌岸然的人，嘴上要他节俭，自己却贪污成性，专权独断然后命人去查证，查证的人又挟私，所以不断恶性循环，直到逼出人命
而且在此过程中，几乎没有人敢为张居正说话，因为一说话，就要被打成张居正党羽像救下张居正一家的申时行，在倒张风最甚的那段时间，根本不敢说话还是当年在张居正夺情的时候，直接跑到张家灵堂指着张居正鼻子骂，把张居正骂哭了的王锡爵出面为申时行说话，这样的风气才稍微平息（详见《神宗实录》万历十三年八月十一）
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最后，说说张居正的贪污问题
张居正有没有贪污呢？放在当时的历史条件下，恐怕是算不上的以海瑞的标准要求张居正另说
据刑部当时列的清单，整个张家（包括张居正的兄弟，儿子）抄得：黄金两千四百余两，白银十万七千七百余两，金器三千七百一十余两，金首饰九百余两，银器五千二百余两，银首饰一万余两，另有玉带十六条等等
这笔钱多不多？多，对于普通人来说这就是一笔天文数字
但这对于张居正这个当了十几年高官，最后还秉国十年的顶级文官来说，不多，而且其中很大一部分来自皇帝对张居正恩赐（实录里经常能找到皇帝赏赐张居正的记录）
相较于严嵩，徐阶，乃至冯保，张居正简直清得不要再清
更重要的是，皇帝最后对张居正的定性没有贪污