，皇帝一概不听，甚至还在熊廷弼被言官们骂得闹小情绪想辞官的时候，亲自下旨安抚。万历四十八年七月，皇帝临崩之前，给熊廷弼发去了最后一封答复，上曰：览奏知尔力疾行边，积劳积苦，以致诸病交作，朕心恻然悯念。但今贼众屯聚关口，凶谋叵测，非经略谢事之时。尔宜军中加意调舏，以俟全愈，以安众心，用副朝廷倚任之意。不准辞。
这样的待遇能馋死庙祝阁老李廷机。李廷机这位与方从哲同榜进士的榜眼首辅，在其阁臣生涯的四年时间里，向皇帝上了一百二十余封表辞，但无一得到回复，最后一气之下自己跑了
熊廷弼做好了放弃沈阳的准备，但努尔哈赤却并没有在万历四十七年这个辽东局势整体动荡的窗口期对大明发起进攻，而是挥师东进，剑指叶赫，也就是大明之北关。
叶赫部陷落打击了明军的士气，但也给了熊廷弼加固沈阳的时间。
万历四十八年正月，熊廷弼在冬季休战期间重新部署沈阳的防守事宜。为此，熊廷弼亲自移驻沈阳重建城防，并新建奉集堡。甚至亲往被努尔哈赤捣毁的抚顺故城，查勘地势。数月劳累之下，熊廷弼在五月二十一日一度呕血，但六月初一熊廷弼又重新办事，初四日就前往新修的奉集堡视察，接着又前往清河、宽奠、镇江一带巡视。在他的经营下，沈奉防线建成。辽东才算是真正稳固了下来。
沈奉防线在实战中证明了它的功用。
万历四十八年六月十二，酋奴出动数万大军，兵锋直逼沈奉防线。记载称，奴兵“黄盖映日，旌旗映空”。其中以前锋二万直奔沈阳，后援四万继进。另以一万从东州堡出，直冲附近奉集堡。
沈阳守城总兵贺世贤，亲统明军于沈阳城东二十里迎击，野战鏖斗，八旗败退十五里下营。与沈阳呈犄角之势的奉集也从容应战，总兵柴国柱带兵在堡东三十里小夹山、榆条寨与后金对战。因整顿后的明军“奉法惟谨，人人用命”，各路明军主动出击堵截，南北相顾，至八旗进攻无果，丢弃攻梯钩杆无数，怏怏而去。
随后，天地剧变，万历四十八年七月二十一，万历皇帝驾崩。八月初一，泰昌皇帝即位。
八月二十日，北京发生了一件大事。给事中吴亮嗣上疏弹劾左都督郑养性贪污受贿、大吃空饷、草菅人命、私占民宅、强抢民女等十二大罪。由吴亮嗣的弹劾开启的郑养性案牵出了一系列影响深远的重大事件。以至于人们通常忘了同日发生了一件小事。
司礼监传谕内阁，命令内阁拟旨明发：将给事中姚宗文削籍为民。辽东经略熊廷弼守边有功，擢兵部左侍郎兼左佥都御史，赏银一百两。
次日，也就是万历四十八年八月二十一。送往辽东的诏书离开北京。