朝廷开始意识到，辽东的事情绝不止是卫、所、都司，所能解决的。
张承胤全军覆没的消息传到北京的当日，内阁独相方从哲即召集户部尚书兼署吏部务李汝华，以礼部左侍郎署掌印务何宗彦，兵部尚书黄嘉善，刑部尚书兼都察院左都御史李鋕，以工部右侍郎署掌印务林如楚等人，召开“九卿会议”。
参加“九卿会议”的六个人很快便达成了一致意见。会后，方从哲上疏皇帝，称：辽左之事恐非旦夕能定，督臣遥制千里之外则呼吸难通，抚臣兼理米盐之细则精神不一，往年朝鲜、洮河之役皆有另议设一经略大臣为其专责而势便也。今辽事方急，似当特设一经略宪臣，防剿机宜悉以听之，事平则撤。
皇帝一反常态地在短时间内回复了此疏。他命令内阁即刻组织廷推，并旨令川、陕、浙、闽等省抽调兵力增援辽东。之后，杨镐因为“昔曾巡抚其地，熟谙虏情”被廷推为以兵部右侍郎经略辽东，并赐尚方剑节制军务，主持征伐。
事实证明，这次征伐是极其失败的。皇帝虽然重视，但心急吝啬，库有帑银但几乎一毛不拔，国家财政亦极度空虚，因此，户部只能硬着头皮向全国加饷。加饷即是加压，内阁大学士方从哲、兵部尚书黄嘉善、兵科给事中赵兴邦等廷臣唯恐师老饷匮，不断向杨镐发出兵部红色令旗，督促其尽快出兵。于是原定于万历四十七年三月二十一日的出征之日，被提前为二月二十一日。
仿佛是老天都在挽留，二月二十一日，天降大雪，行军困难，出师日期不得不延后。老天留不住找死的，这场大雪只给征酋明军增加了四天的活日。杨镐否决了各路总兵提出的所有缓兵之议，执意于二月二十五日出师。
万历四十七年二月二十八日至三月初五，明军三路兵溃，朝鲜军全军投降，萨尔浒战役结束。此役，大明损兵四万五千余，折将三百一十余。开原、铁岭等地相继失陷。沈阳成为最靠近酋奴的重镇。
万历四十七年八月初二日，新任经略熊廷弼在海州与杨镐交接，翌日兼程进入治所辽阳。熊廷弼一进入辽阳，立刻稳定人心。他先是逮捕了将家眷搬出城的官员，并要求各富户把搬到城外的家眷迁回，由此人心得以稳定。
之后他一面以兵部侍郎的身份整顿军务，一面以都察院佥都御史的身份抓捕逃将贪官，并请王命旗牌及尚方宝剑惩杀逃将刘遇节、王捷、王文鼎及贪将陈伦等人，设六坛以哭祭死难军民。同时，熊廷弼发布告示劝逃亡者回归，督造兵器，疏浚城壕，加固城墙。数月后，辽阳守备大固。
别看熊廷弼现在迁驻沈阳，但他一度产生过放弃沈阳的想法。彼时，辽东精锐丧尽，援兵迟迟不来，八月二十四日，沈阳