沈阳及各城堡军民迅速逃散，辽阳人心惶惶
八月初，熊廷弼进入辽阳，开始整顿军务，并劝逃亡者回归甫一接任，熊廷弼便斩杀逃将以祭奠死节将士，先后杀贪将陈伦，罢免总兵李如桢，以李怀信代替与此同时，熊廷弼还亲自监督军士建造铲车、火器，疏浚城壕并加固城墙，做好了与建奴长期对峙的打算几个月后，辽阳守备大固辽东地方也再无城池陷落
辽东的实际情况让他看清了漫谈恢复、贸然进剿显然过于草率，只能固守维稳，以守代战为了挡住建奴正盛的进攻势头，熊廷弼上疏神宗，向皇帝主张“步步为营，渐进逼近”的战略用结硬寨，打呆仗的方式将逐步挤压建奴的活动空间，让他们抢无可抢、掠无可掠
但固守二字说起来容易做起来却十分艰难，建奴有兵十万，那么官军就应有十八万才能稳住局势然而熊廷弼走马上任时，辽东只有官军八万，光在数目上就不占优势，而且这些官军以老弱居多，还需简汰，不能作为实数
为了补足这十八万战兵，朝廷每年需要向辽东拨发白银三百二十四万两、米粮一百零八万石、马豆九十七万石
从当时的战略态势来看，熊廷弼决定固守无疑是十分正确的被萨尔浒惨败打醒了的神宗朱翊钧也认可了熊廷弼的判断，批示：“审度贼势，分布战守方略，颇合机宜防守既固，徐图恢复进剿，尤是万全之策”
神宗不仅口头上对熊廷弼予以支持，也在行动上尽可能地给熊廷弼以需要的东西不过，神宗还是没舍得花他自己的钱就是了
辽东兵事兴，骤增饷三百万汝华累请发内帑不得，则借支南京部帑，括天下库藏余积，征宿逋，裁工食，开事例而辽东巡抚周永春请益兵加赋自此，向天下加派辽饷便成了常事
天下如何暂且不提，至少在神宗的全力支持下，熊廷弼经辽一年，取得了明显的成效不仅辽阳颓城整修一新，逃亡人民纷纷回归，而且原先遭到战争威胁的奉集、沈阳两座空城，如今俨然成为重镇
万历四十八年，朱翊钧人生的最后几个月，神宗虽身患重病，但对熊廷弼仍分外关注，别人的奏疏可以不看，唯独熊廷弼的奏疏非看不可，而且无不一一批答在负累天下，君臣互信的情况下，辽东得以稳定
七月二十一日，沉疴难起的神宗驾崩八月一日，新君御极这一度让熊廷弼非常忧虑，因为他和太子向来没有任何交集，甚至都没见过这位新任君主这种情况的危害是显见的，由于不为新君所知，新君想要对他有所看法与评价，就只能依靠其他官员的赞、诋一般来说，人缘越好、交往越广，就越能得到新君的垂青，但熊廷弼显然不是个有好人缘的人
在神宗朝时，就因为他是湖广楚人，熊廷弼便平白