事调动必须请示总督府，非总督府命令他国军队不得擅入别国领土
另外，大名家臣现有的知行地情况必须每年向总督府报备，没有总督府命令大名不能私下授予家臣知行地
同时，总督府内部设立水军司、陆军司两个部门
水军司所司伊丹雅胜，主管天下水军
水军下辖：九州水军，基地为肥前松浦港濑户内海水军，基地因岛、来岛、能岛关东水军，基地安房国北陆水军，基地轮岛凑奥羽水军，基地凑城
水军司本部位于堺港
水军日常任务是清剿海盗，保证各航道的贸易通畅此外也负责护送勘合贸易船队前往明朝进行贸易活动
最后，便是重中之重的陆军司了
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