河之中；同时再打开洪泽湖东北部大水闸或直接破开堤坝，用新修的堤坝将进入洪泽湖的淮水导入“新黄河”中，冲刷已经淤积的新黄河
如此交替利用两条河道，一清一浊反复，一方面解决了黄淮河合流后，汛期洪水倒灌，洪泽湖清口的淤积问题；另一方面，交替使用两条河道，使黄河淤积这一千古难题得到根本性的解决最后，因为洪泽湖有了两条出水口，将大大缓解祖陵的压力
这一方案唯一短板在于黄河入洪泽湖期间，将导致洪泽湖出现淤塞，枢纽失灵但是潘季驯判断，因为淮河位置较低，当再次重新改换河道后，洪泽湖内淤积的泥沙将被冲下去大部分，不会成为大患——为了百年之计，可在洪泽湖外留下一部分土地不予开发，充当泄洪区备用；也可在旱季进行洪泽湖的疏浚清淤工程，扩大库容
这个方案若能成功，将一箭多雕，同时满足皇帝既保祖陵、又保运河，还保民生的要求而且，利用这全国性的大工程及周边的配套水利工程，将使常年受灾的两淮和黄河流域成为粮米之乡——真正的功在千秋
张居正当时看了潘季驯上交的第三份报告所耗费的钱粮、工役，猛吸凉气，二话没说，直接判第三份报告死刑但朱翊钧见之，心里大为惊喜
新中国建国后，治理黄、淮河采用的方式和潘季驯第三方案只有一小部分类似，最大的区别是没有彻底改变淮河仍为长江支流的状态，而且也当时黄河也改道了，因此治理两河均属于单流域治理——黄河的淤积问题，到了新世纪其实已经不用解决，因为黄河下游基本上快断流了
这一方案，后续效果将非常的鼓舞人心：一方面将三河联动，一涝皆涝的水域状态打破，利用黄、淮河单独入海的方式，一次性解决黄淮河争流问题和长江下游水量过大问题此后，黄河、长江、淮河三条主要河流的防洪和治理以后就成为单流域问题
第二方面，两河利用洪泽湖及周边连串湖泊作为枢纽，轮流使用“束水攻沙”治理黄河的方略，将使黄河淤积危害的问题得到有效控制
第三方面，两河齐出，洪泽湖蓄水压力减小，也保了明祖陵——当然，要想一劳永逸，朱翊钧打算，将来在时机成熟后还是要将祖陵迁走
最后，这一核心工程加上配套的相关水利设施，将改变常年受灾的黄淮地区浊浪滔天，泥沙俱下的景象，把整个淮河流域、黄河流域都变成鱼米之乡！虽不能一劳永逸，但至少将黄、淮河连年决口并影响长江下游的问题解决一大半——除了工程量大，没别的毛病
朱翊钧判断，这份方案虽然所动用的人力物力极其惊人，但是在此时确实有实现的可能：
新中国治理淮河时，淮河周边已经大小城市密布，